Il club fu fondato nel 1874 con il nome di Christ Church Football Club dal reverendo Joseph Farrall Wright, curato della Christ Church di Bolton, e da un gruppo di studenti della Christ Church Sunday School di Blackburn Street, sotto la supervisione del loro maestro di scuola, Thomas Ogden.
Fu inizialmente gestito dall’omonima chiesa di Deane Road a Bolton ed ebbe sede nel luogo in cui ora sorge la fabbrica Innovation dell’Università di Bolton.
Dopo una disputa con il vicario della Christ Church, il club lasciò Deane Road nel 1877 e cambiò nome in Bolton Wanderers.
I componenti del club optarono per il nome Wanderers (vagabondi) per le difficoltà nel trovare un terreno di gioco da usare in pianta stabile. I campi da gioco utilizzati dalla squadra furono, infatti, tre in quattro anni di esistenza.
Si decise di far giocare il Bolton dapprima al Park Recreation Ground, poi al Cockle’s Field, in seguito al Pike’s Lake Ground, prima di stabilirsi definitivamente al Burnden Park (1895).
Il Bolton fu uno dei dodici membri fondatori della Football League, costituitasi nel 1888. All’epoca il Lancashire era una delle regioni egemoni del paese dal punto di vista calcistico, con sei dei dodici club fondatori della lega che provenivano dalla regione storica del Lancashire.
Rimasto nella Football League dalla sua fondazione, Bolton ha trascorso più tempo in massima serie (Premier League, ex First Division) che nelle altre serie.
Gagliardetto scambiato dai capitani in occasione dell'incontro Rabotnicky - Bolton Wanderers di Coppa UEFA disputato il 4 ottobre 2007
Embroidered pennant in use in the 2000s
Embroidered pennant in use in the 2000s
Embroidered pennant in use in the 60s